船用变压器在运行中短路损坏的原因主要包括以下几个方面：

过载：变压器在工作过程中如果负载过大，会导致其过热，进而引发短路和损坏。过载不仅会增加变压器的温度，还可能导致绕组变形或绝缘材料老化，最终导致短路。外部短路冲击：变压器在外部电路发生短路时，会受到强烈的电磁力作用，导致绕组形变或绝缘击穿，从而损坏变压器。这种情况下，变压器的铁心和绕组可能会因为短路电流产生的强大磁场而发生变形或损坏。

内部绝缘损坏：变压器内部的绝缘材料如果老化或损坏，也会导致短路故障。绝缘材料的老化通常是由于长时间的高温、湿度或其他环境因素引起的。漏电流过大：如果变压器的漏电流过大，可能会导致系统掉电，进而引发短路和其他故障。漏电流过大通常是由于变压器的绝缘性能下降或接地不良引起的。

电压异常：变压器在接收到非预期的电压（如逆序电源接入）时，可能会导致设备损坏，甚至发生短路。电压异常会对变压器的正常运行造成严重影响，增加短路的风险。冷却系统故障：变压器的冷却系统如果出现故障，无法有效散热，会导致变压器过热，进而引发短路和损坏。

综上所述，船用变压器在运行中短路损坏的原因多种多样，包括过载、外部短路冲击、内部绝缘损坏、漏电流过大、电压异常以及冷却系统故障等。针对这些原因，应采取相应的预防措施，如合理设计电路、定期检查和维护变压器、确保冷却系统正常运行等，以提高变压器的可靠性和安全性。